集团内设机构为“一室六科”，即：办公室、财务科、收储科、经营科、资产科、审监科、治保科。

办公室：协助搞好日常管理，协调处理工作关系。负责综合性会务的组织安排和会议决定事项的督办，负责起草重要文稿，负责发文审核和公文管理、章印管理、网站管理、车辆管理。会同有关部门研究拟定集团的发展规划和年度工作计划、总结，并做好工作情况综合和信息搜集编发、新闻宣传报道工作。负责文明创建和对外接待、后勤服务工作。同时协助集团党委做好劳动人事管理、考核、人才培训、党建党务、工青妇等工作。

收储科：负责粮食收购和储存管理。搞好粮食品质调查，并发布相关信息，检查、指导粮食收购质量，认真做好粮油食品卫生监测，批量外采粮食必须严格检验把关，建立健全粮食出、入库质量档案。检查、指导现存粮安全保管工作，确保储存安全。积极开展科技储粮，大力推广安全绿色储粮新技术，减缓粮食陈化，全年存粮科保率达100%。负责“红旗库（仓）”考核考评工作，积极开展爱粮节粮增效活动，不断提升粮食仓储管理水平。严格执行粮食行业“一规定两守则”，定期开展粮食仓储保管、防治和检化验人员业务培训。严格化学药剂使用管理，规范流程，确保危化品安全有效使用。

财务科：负责财务管理和核算。按照现代企业制度的要求，搞好政策性粮油资金、费用的下拨和管理，及时编制、报送各类财务报表和会计资料审核。建立健全内部财务管理制度，认真做好财务分析，搞好日常会计核算，加强费用管理，严格费用报支手续。做好资金调配，保证资金安全、高效运作。负责会计人员的业务培训和工作变动监交工作。负责粮食购销统计和政策性粮食业务工作。

经营科：负责粮食产销和形势预测及市场动态信息的收集工作，准确掌握市场行情，及时提供经营信息。负责制定落实集团经营计划，制定营销策略和激励措施，加快粮食促销。公开公平公正竞价销售，完成自营粮销售、储备粮轮换和外购外销任务。严格执行国家有关法律法规，加强合同管理，严密手续制度，信守商业秘密，防范经营风险，杜绝各类欺诈行为发生。

资产科：贯彻执行国家国有资产相关法律法规、规章和制度，负责集团国有资产管理，制定资产管理实施办法，建立健全管理台账。做好集团、各子公司的资产过户和办证工作，以及国有资产购置、出租和处置审批工作，确保国有资产保值增值。负责编制、审核基建和维修项目、设备、材料的立项、环评、申报、招投标、施工管理、项目验收、决算等工作。负责国有资产管理业务指导、监督和检查工作，以及计量、检化验仪器的年检工作。做好国有资产管理人员业务培训工作。

审监科：负责集团及对各公司财务内部审计和基建、维修项目的审计，以及对国有资产变卖、置换、报损处置等运营管理实施监督，并协助外部审计机构做好相关审计、稽查工作，对审计发现的问题点跟踪督查限期整改。负责经济目标责任制的测算、检查和考核工作。制定党风廉政建设责任制，负责各项党纪条规的宣传、贯彻、落实和监督。配合上级纪委监委做好纪检监察工作和违纪违规案件的查处，以及企务公开、人民来信来访调查处理工作。

治保科：坚持“安全第一，预防为主，综合治理”方针，宣传、贯彻、落实上级部门安全生产工作文件、规定。负责综合治理、安全生产、信访维稳工作，并制定相关制度和工作责任制，建立健全各类台账和应急预案，确保全年安全无事故，无一次无故无越级上访。督查和指导各公司做好安全生产工作，定期组织安全检查，对查出的隐患责令限期整改，对发生的安全事故及时调查，按照规定严肃处理和追究责任。建立安全生产项目报备制度，认真审核并做好督查、指导、服务工作，及时组织好安全生产工作例会和“安全生产月”等活动，负责对员工安全思想教育和安全知识培训。